とりあえず動いた・・・。
centosはメモリ1GBだから、GNS3を動かすのはちょっときついかな。
基本的に下記のガイドのとおり。
https://community.gns3.com/servlet/JiveServlet/download/38-7963/GNS3%20Getting%20Started%20Guide%201.0.pdf
ubuntuには、pythonは2系と3系が両方入っている。
pycrypto とかいうのがインストールされるところでエラーになって、
python2.7-dev と python3.4-dev をいれた。
たぶん3.4だけでいいのだと思う。