改行コード

windowsで作ったテキストファイルをFTPでlinuxに転送して、shスクリプトとして実行しようとすると実行できないことがある。改行コードのせいだと思う。たしか、linuxはLFで、windowsはCR+LFである。秀丸でLFにして保存したら、実行できたことがある。しかし、linux側でなんとかできないものかな？